Kolumbian yhteiskunnallisten ja poliittisten ongelmien taustalla on epäoikeudenmukaiset maanomistussuhteet. Ainoastaan 11 prosenttia viljelyyn soveltuvasta maasta on käytössä. Loppuosa maasta on suurtilallisten ja huumekauppiaiden omistuksessa olevia karjan laidunmaita.
Kolumbian sissijärjestöt syntyivät 50-luvulla aluksi reaktiona valtion harjoittamalle puoluehenkiselle väkivallalle. 60-luvulla FARC (Fuerzas Armadas Revolucionarias de Colombia) omaksui yhteiskunnallisen oikeudenmukaisuuden taisteluunsa kommunismin utopian. Tällä hetkellä sen riveissä taistelee 17 000 kolumbialaista.
70-luvulla syntyi Kolumbian toiseksi suurin sissijärjestö ELN (Ejercito de Liberación Nacional), jota tuki Kuuban hallitus. Ideologiaansa ELN sai vaikutteita vapautuksen teologiasta. Järjestö keskittyy monikansallisia, ensisijaisesti Kolumbiasta öljyä vieviä yhtiöitä vastaan suunnattuihin terrori-iskuihin. Joukoissa taistelee 5 000 sissiä.
Äärioikeistolaiset joukot ovat onnistuneet torpedoimaan järjestelmällisesti vasemmistolaisten kapinallisjoukkojen poliittiset esitykset ja painopiste on pysynyt sotimisessa. Vasemmistosisseille ei ole siten juurikaan jäänyt minkäänlaista mahdollisuutta toimia poliittisena oppositiona.
Äärioikeistolaiset puolisotilaalliset joukot, AUC (Las Autodefensas Unidas de Colombia) ryhmittyivät vuonna 1997 johtajansa Carlos Castañon palvelukseen. On olemassa näyttöjä siitä, että AUC tekee yhteistyötä Kolumbian armeijan kanssa. AUC:n vahvuudesta ei ole tarkkaa tietoa, mutta sen joukoissa arvioidaan olevan tuhansia.
Neljäkymmentä vuotta kestäneen sisällissodan seurauksena Kolumbiassa on maailman neljänneksi eniten maan sisäisiä pakolaisia.